NSCは、米国のNSCをモデルにしたもの。日本版NSCでは、総理大臣を議長に、官房長官、外務大臣、防衛大臣などの外交・防衛にかかる「4大臣会合」が月2回程度開催され、中長期的な国家安全保障戦略の策定を含めて基本的な方向性を定める。さらに、これに総務大臣や財務大臣、国家公安委員長や国土交通大臣らを加えた「9大臣会合」が国防に関する重要事項を審議する。

　さらに重大緊急事態に際した場合は、「緊急事態大臣会合」を招集。高度に政治的な判断が求められる緊急事態への対処を強化する。

　また、事務局として内閣官房に「国家安全保障局」を設置し、NSCを恒常的にサポートする。緊急事態への対処にあたって、内閣危機管理監と緊密に連携を取りながら、国家安全保障に関する外交・防衛政策の観点から必要な提言を実施する。